Centro Tematico Biomolecolare

Il Centro Tematico Biomolecolare (MoBiLab – Molecular Biodiversity Laboratory) integra competenze e infrastrutture avanzate per analisi molecolari e bioinformatiche con la finalità principale di offrire alla comunità scientifica servizi e consulenza per lo studio dei dati di biodiversità. In particolare, il Centro si pone l’obiettivo di fornire strumenti per l’analisi di dati genomici, metagenomici, filogenetici, filogeografici e di DNA barcoding e meta-barcoding, e di mettere a disposizione banche dati appositamente strutturate per garantire l’accesso integrato alle informazioni molecolari e ai metadati ad esse associati.

Obiettivi di Lungo Periodo

Gli obiettivi a lungo termine del MoBiLab comprendono la costituzione di servizi consolidati per l’analisi di dati di Biodiversità Molecolare e l’eventuale supporto alla loro produzione. Tali servizi costituiranno preziosi strumenti per la rapida valutazione di fenomeni a carico di interi ecosistemi o singole popolazioni, utili per definire strategie di monitoraggio e gestione del territorio. I servizi che si intende rendere disponibili sono i seguenti:

  1. disegno ed applicazione di protocolli di meta-barcoding o protocolli shotgun basati su tecnologie di sequenziamento ad alta processività (High-Throughput Sequencing, HTS);
  2. strumenti per l’analisi comparativa tra metagenomi e metatrascrittomi associati a diversi ambienti e condizioni;
  3. strumenti per l’analisi molecolare e bioinformatica di comunità procariotiche ambientali e simbionti;
  4. strumenti per l’analisi molecolare e bioinformatica di comunità eucariotiche;
  5. strumenti per l’analisi molecolare e bioinformatica di genomi e trascrittomi procariotici ed eucariotici;
  6. accesso a banche dati specializzate di Biodiversità Molecolare.

Inoltre è in via di costituzione una infrastruttura bioinformatica per l’archiviazione e l’analisi dei dati molecolari relativi ad uno specifico caso di studio riguardante le specie aliene in territorio terrestre e acquatico nazionale, prodotti nell’ambito del progetto o disponibili in database pubblici. In futuro ci si propone di ampliare lo scopo di questa infrastruttura, rendendola di applicazione più generale.

GLOBIS-B: il centro ha fornito competenze nel campo della biodiversità molecolare al progetto Horizon 2020 “GLOBal Infrastructures for Supporting Biodiversity research”. L’obiettivo principale del progetto è quello di mettere insieme scienziati con operatori di infrastrutture di ricerca ed esperti legali sull’interoperabilità per affrontare i bisogni e i servizi infrastrutturali necessari per calcolare Essential Biodiversity Variables (EBVs).

Ocean Sampling Day (OSD): nel contesto dell’OSD, il Centro ha fornito competenze nel campionamento e high-throughput sequencing (HTS) di placton eucariota presso i siti marini sotto osservazione. Sulla base dei dati raccolti nel 2014, è stato proposto un progetto sull’efficienza di diverse regioni genomiche (i.e. le regioni ipervariabili del 18S rRNA) nella valutazione tassonomica. Inoltre, è in lavorazione un database di riferimento per le microalghe tossiche necessario per l’analisi meta-DNA barcoding ed è stato testato sui dataset dell’OSD. Il centro partecipa alla Citizen and Science MyOSD initiative, grazie alla quale i cittadini sono stati direttamente coinvolti nelle campagne di campionamento del 21 giugno. La Stazione Zoologica Anton Dohrn, in quanto MyOSD-Hub, ha distribuito kit di campionamento attraverso i quali i cittadini hanno contributo, insieme ai ricercatori, all’approfondimento dei microbi oceanici.

Elixir: Elixir ambisce a costruire un’infrastruttura europea sostenibile per le informazioni biologiche, a supporto della ricerca nelle scienze della vita e della sua traslazione in ambito medico, agricolo, bioindustriale e sociale. MoBiLaB è coinvolto nel Marine Metagenomics WP 6 del progetto EXCELERATE nell’ambito delle attività di ELIXIR.

Strumenti e servizi disponibili per studi di Genomica e Metagenomica:

Call for investigating alien and invasive species through NGS data production and analysis

LifeWatch-Italy Call for interdisciplinary research projects at the distributed Laboratory of “Molecular Biodiversity”:
In April 2014, the Biomolecular Laboratory in LifeWatch Italy (CTB-MoBiLab – Molecular Biodiversity Lab) launched a call for projects that include the production of molecular data through High Throughput Sequencing (HTS) technologies and their analysis in order to promote the research in the field of Molecular Biodiversity as well as the multidisciplinary integration of the Italian groups interested in biodiversity research at different levels.
The call was open to projects focusing on alien or invasive species and/or their impact on indigenous communities and interactions among species, lead and coordinated by researchers within Italian Institutions participating in LifeWatch-Italy. For the projects positively evaluated by a commission of foreign reviewers coordinated by Prof. Graziano Pesole, the Laboratory of Molecular Biodiversity of CNR in Bari provided the human and infrastructural resources to perform the sequencing and the required analyses according to modes and times indicated in the projects.

The table below provides information on the funded projects.

  1. Cooperazione con il Gruppo di Lavoro ICT per la costruzione e il mantenimento dell’infrastruttura per l’archiviazione e la fruibilità dei dati di Biodiversità Molecolare e dei metadati associati.
  2. Esplorazione di ulteriori dati e risorse derivanti da nuovi casi studio nel campo della Biodiversità Molecolare, progressiva e continua integrazione di tali dati e aggiornamento dell’infrastruttura.
  3. Feedback e raccolta di dati dagli utenti al fine di ottimizzare l’infrastruttura sulla base delle loro necessità.

Graziano Pesole – Coordinatore
Adriana Zingone – Coordinatrice
Monica Santamaria – Ricercatrice
Francesca De Leo – Ricercatrice
Bachir Balech – Assegnista di ricerca
Bruno Fosso – Assegnista di ricerca
Caterina Manzari – Assegnista di ricerca
Maria Paola Tomasino – Assegnista di ricerca
Marinella Marzano – Assegnista di ricerca

Contatti

g.pesole@ibbe.cnr.it – +39 080 5443588
zingone@szn.it – +39 081 5833 295
m.santamaria@ibbe.cnr.it – + 39 080 5929675